Действие игры разворачивается во вселенной Warhammer 40,000, на планете Тартарус. По сюжету, Габриэль Ангелос, командир Космодесанта, прибывает на планету для борьбы с нашествием орков, которые стали настоящим бедствием звездной системы. Позднее оказывается что орками руководят Космодесантники Хаоса. Чернокнижник Синдри предаёт своего господина лорда Баала. Далее Габриэля предает его друг-библиарий, передавший чернокнижнику Синдри мистический артефакт — Маледиктум, но, несмотря на это, Синдри оставляет Изидора сражаться одного, и тот погибает. Синдри использует камень, чтобы обратиться в Принца Демонов.Габриэль получает от инквизитора Тота легендарный Молот Демонов, и, собрав остатки своих войск, а также объединившись с Эльдарами, бросает вызов огромной армии Хаоса. Кровавая битва кончается тем, что Габриэль убивает Принца Демонов и получает Маледиктум. Инквизитор призывает Габриэля уничтожить камень, но Видящая Эльдаров говорит, что этим они совершат огромное зло, и пытается убедить Габриэля отдать камень ей. Ангелос стоит на перепутье, но в конце концов наносит по Маледиктуму мощный удар и уничтожает камень. Видящая говорит, что этим Космодесантники обрекли всю Вселенную на страшную кару. Между Космодесантом и Эльдарами вновь вспыхивает вражда, а Тартарус вот-вот будет окончательно погружен в варп-шторм. Силы людей и Эльдаров расходятся по своим кораблям. Перед уходом Габриэль встречается с могущественным демоном, который был заточен в Маледиктуме. Космодесантник понимает, что совершил ошибку. Освобождённый демон говорит, что, разрушь Габриэль камень раньше, он бы был уничтожен, однако, благодаря всем тем жертвам, теперь он обрел силу. Демон благодарен Ангелосу за подаренную им свободу и дарует ему жизнь (пока)… Габриэль говорит, что не боится его и теперь знает о нём всё, и обещает, что они ещё встретятся.

Аддон повествует о борьбе четырёх рас на отдаленной планете Лорн 5 (англ. Lorn V). Изначально принадлежавшая Империуму, планета была захвачена бандой космических десантников Хаоса легиона Пожирателей Миров. Лорд Крулл (англ. Lord Crull), глава сил Хаоса на планете, ведет войну против высадившихся на планете орков под руководством босса Горгутца (англ. Gorgutz). В начале игры на планете появляется третья сила — Имперская Гвардия. Главная цель гвардейцев под командованием генерала Стёрна (англ. General Sturn) — захват и ремонт титана класса «Император», оставленного в ходе отступления Империума. Титан привлекает и лорда Крулла, который до этого по неясной причине не знал о том, что на захваченной им территории находится столь ценная техника. Последними прибывают эльдары, ведомые Видящей Тальдирой (англ. Farseer Taldeer). Они единственные знают, что на планете скоро пробудятся силы некронов и хотят использовать Титан для их уничтожения. В игре есть две сюжетные линии — за «Хаос» (космодесант хаоса и орки) и «Порядок» (эльдары и имперская гвардия). Также в кампании впервые появляется, пока ещё не доступная для игры, раса «некроны», которая была добавлена в следующем аддоне Warhammer 40,000: Dawn of War — Dark Crusade.
Кампания за Хаос:
В кампании за силы Хаоса игрок руководит силами орков и космических десантников Хаоса. Встретившись с новым врагом, они с трудом заключают временное перемирие и уничтожают Гвардию и эльдаров; Стёрн и Тальдира погибают. После этого союзники снова ссорятся; игрок должен выбрать одну из сторон и привести её войска к титану, защищенному пси-щитом. Если игрок выбирает орков, то они не используют титан (Горгуц не считает его чем-то ценным), но тем не менее громят и силы Хаоса, и пробудившихся некронов. Если игрок выбирает Хаос, то на Горгуца нападают его же орки, недовольные поражением. Крулл захватывает титан, одерживает победу над некронами и устраивает огромное жертвоприношение богу крови Кхорну.
Кампания за Порядок:
В кампании за силы порядка игрок руководит силами Имперской Гвардии и эльдаров. Гвардия зачищает оставленную цитадель Империума от Хаоса и спасает ремонтную команду, которая должна привести титан в рабочее состояние. К генералу Стёрну присоединяется охранявший команду капеллан космических десантников ордена Ультрамаринов Варнас. Эльдары сначала незаметно помогают гвардейцам в их войне против Хаоса и орков, но в результате их присутствие становится известным и Гвардии, и оркам. Тальдира заключает союз со Стёрном; она хочет использовать Гвардию как пушечное мясо. В свою очередь Стёрн уверен в том, что новые союзники предадут его при первой же возможности, но соглашается, чтобы знать, где находятся полагающиеся на маскировку силы эльдаров.
Союз разваливается, когда основные силы Гвардии и эльдары прибывают к титану. Уже защищенный пси-щитом, он охраняется гвардейцами, которые ждут прибытия ремонтной команды. Ситуация осложняется тем, что к титану также стремятся орки и Пожиратели миров. Игрок должен выбрать одну из сторон.
Если игрок выбирает эльдаров, то Тальдира пробивается к титану; гвардейцы остаются снаружи и их громят силы Хаоса. Используя артефакт «Камень душ» и силовую установку титана, эльдары уничтожают некронов и покидают планету. Титан взрывается из-за перегрузки реакторов. Если игрок выбирает Гвардию, то Стёрн и Варнас благополучно достигают защищенную пси-щитом площадку. Орки и Пожиратели миров громят оставленных за щитом эльдаров. Когда некроны пробуждаются, Гвардия использует вспомогательные орудия титана и уничтожает их. Одержав эту победу, силы Империума остаются на планете, чтобы добить сопротивление орков и Хаоса, а также защитить титан до полного восстановления. (Каноничной обьявлена концовка компании порядка)

Сюжета как такового в аддоне нет, так как играть можно за любую из 8 рас.
Описания побед:
Хаос: Элифас Наследник становится новым князем демонов. Буря в Варпе продолжает бушевать, и на планете появляется всё больше и больше демонов. Многие выжившие перешли на сторону хаоса неделимого, а те, кто не присягнул хаосу, были принесены в жертву его богам. Кронус превратился в демонический мир, где началась подготовка к дальнейшим походам сил хаоса вглубь империума.
Орки: Добивший всех оставшихся врагов, Горгутц был провозглашён убийцей: Тау, Хаоса, Имперской гвардии, Космодесанта, Некронов и Эльдар. Все кланы орков Кронуса уважали его и признавали своим вождем. Получив доступ к богатым залежам металлов, Горгутц начал строить фабрики по производству оружия и брони. Орки уничтожили все оставшиеся владения людей. Постепенно Горгутц создал огромную империю орков.
Некроны: Уничтожив всех живущих на Кронусе, Некроны вновь стали его полноправными хозяевами. Скарабеи разрушили экосистему планеты, превратив её в огромную стерильную пустыню. Попытки Эльдар, Тау и Имперский гвардии высадиться на Кронус не увенчались успехом — огромные корабли-гробницы Некронов с лёгкостью отбивали любые атаки противника к вящей славе Несущего Ночь.
Космодесант: После того, как космодесантники очистили систему, туда явились представители инквизиции, поздравившие Капитана Давиана Тула с успехом. Отныне вся система принадлежала космодесантникам. Имперским гвардейцам была предоставлена возможность покинуть планету. Кронус стал новым важным опорным пунктом для империи людей. Капитан Давиан Тул улетел с Кронуса в другие системы.
Имперская Гвардия: После того, как Лукас Александр очистил систему от врагов, он начал строительство собственных форпостов по всему Кронусу и создал военные полигоны для тренировки солдат. Инквизиция обеспечивала планету ресурсами для модернизации войск и укреплений и присылала граждан из других систем. На Кронусе они проходили военную подготовку, после чего половина солдат оставалась для защиты планеты как важного пункта снабжения войск Имперской Гвардии, а остальных отсылали на другие миры. Сам Александр также отправился в иные системы, оставив управление Кронусом своим генералам.
Эльдары: После победы на Кронусе Эльдары покинули опустевшую планету, уверенные в том, что никто из глупых младших рас еще долго не потревожит покой некронов.
Империя Тау: Планета перешла под власть Тау и стала их новым форпостом. Аун’Эль Ши’Орес принял командование Кронусом. Люди были направлены в концлагеря для обучения новой доктрине. На всей планете велась пропаганда Высшего Блага. Через несколько десятилетий человеческий род на Кронусе вымер полностью.
Описания поражений:
Имперская гвардия. Под натиском врага техножрец подрывает управляющие элементы орудия Хеллсторм, а генерал-губернатор погибает.
Космодесант. Аптекарий уносит тело Давиана Тула на корабль для сохранения его генетического семени. Поле боя на месте монастыря-крепости накрывает орбитальная бомбардировка.
Орки. Горгутц взрывает бомбу и трусливо сбегает с орком из своей свиты.
Тау. Загнанный в угол Божественный Аун’Эль Шио’рес убит. Его тело вывозит с планеты главнокомандующий Шас’О Каис. Город О’рес Ташн эвакуируется.
Некроны. Герой врага закладывает бомбу в самое сердце катакомб и через 8 минут убегает на поверхность. Бомба взрывается и свод подземелья обрушивается, похоронив всех некронов под землей.
Хаос. Великие врата варпа разрушаются войсками противника. Элифас Наследник попадает в имматериум, где его убивает разгневанный неудачей принц демонов.
Эльдары. Все три фрагмента Великих звёздных врат захвачены врагом, запечатаны и затем полностью уничтожены. Эльдары оказываются запертыми на Кронусе, не имея возможности отступить в паутину. Аватар Кхейна пал, и деморализованные Эльдары спасаются бегством. Видящая Тальдира отказывается бежать и принимает бой против целых полчищ вражеских армий. В результате она так или иначе погибает вдали от своего родного мира Ультве.Каноничное окончание:
В продолжении серии Dawn of War II становится ясно, что на Кронусе победили Кровавые Вороны под предводительством брата-капитана Давиана Тула на Кронусе. Подтверждается гибель Тальдиры, которую допрашивал магистр Азария Кирас; однако вместе с тем выясняется, что Элифас Наследник всё-таки выжил.

Геймплей не изменился после dark crusade, поэтому сюжет представлен только описаниями побед и поражений.
Победы:
Имперская Гвардия — Генерал Вэнс Стаббс стал генерал-губернатором всех четырёх планет. Началось восстановление Кауравы. Каурава 4 была восстановлена полностью, и вскоре её нельзя было узнать, а вот Каураву 3 никто заселять не хотел — кто знает, что ещё могло скрываться в её песках. После работ Каурава стала важным стратегическим пунктом Империума. Больше никто не вспоминает о старых войнах.
Тау — Командир Ор’ес’Ка обезопасил систему Каурава и подготовил её для присоединения к Империи Тау. Его военная тактика была признана инновационной и принята на вооружение Касты Огня. Руководство над освоением новой системы взяли на себя Божественные, в то время как командир Ор’ес’Ка отбыл из системы, чтобы дальше расширять границы Тау и распространять Высшее Благо.
Хаос — Каурава стала миром демонов. Буря в Варпе продолжала бушевать, и через неё прибывали всё новые воители и демоны. Каурава стала важным опорным пунктом Альфа Легиона. Оставив её в ереси, Каррон со своим легионом готовится к новым схваткам с их древнейшим и злейшим врагом — Империумом Людей.
Эльдары — очистив систему Каурава от враждебных рас, а главное, загнав своих извечных противников некронов обратно в их подземные крипты, эльдap посчитали свою миссию на Каураве законченной и ушли. Спустя время система была вновь заселена людьми и колонизирована под контролем Имперской Гвардии. Однако Каурава 3, на которой спят вечным сном некроны, продолжала находиться под наблюдением эльдар, и все попытки высадиться и колонизовать ее провалились. Губернатор Гвардии Кауравы в конечном счете отказался от попыток заселить пустынную планету и оставил эльдар следить, чтобы некроны не проснулись снова.
Сестры Битвы — после победы фанатичных войск канонессы Селины Агны Сестры Битвы принялись за ревностную очистку системы Каурава от скверны и ереси. Безжалостно были преданы огню все проявления и приспешники Хаоса и все прочие, проявлявшие к нему какую-либо предрасположенность. После этого система была превращена в оплот Веры, были воздвигнуты храмы и монастыри, превратившие Каураву в место паломничества со всех сторон Империума.
Некроны — уничтожив все живое в системе Каурава, некроны стали готовиться к походу в другие системы; система Каурава стала больше никому не нужна, поскольку теперь там царили смерть и запустение, и никто больше не вспоминал о ней.
Космодесант — Кровавые вороны захватили систему Каурава. Территория Кровавых воронов была переименована в «Бореалис» — в честь капитана Кровавых воронов. Были основаны новые монастыри-крепости в честь Императора. Новые силы имперской гвардии прибыли в систему, чтобы создать новую и лучше управляемую планетарную оборону. Индрик Борэль улетает из системы для выполнения новых заданий.
Орки — система Каурава была захвачена и заселена орками. Но у Горгутца были и другие планы: в системе имелся широкий выбор металлов. Были построены фабрики по производству чего угодно. Теперь орки ни перед чем не остановятся для достижения победы.
Тёмные Эльдары — захватив систему, темные эльдары, взяв с собой множество пленных, с новым варп-штормом отправились к новым, нетронутым мирам.
Поражения:
Хаос — центральный монастырь рушится, Лорд Хаоса убегает и гибнет, встречая командира победившей стороны.
Имперская гвардия — лидер группировки с горечью говорит о поражении и жертвах. Затем он убегает под прикрытием солдат, садится в транспортный корабль и улетает. Солдаты, прикрывавшие его, погибают от наступающих войск противника.
Сёстры Битвы — все сёстры собираются на площади и совершают массовое самоубийство, сжигая себя в огне.
Тёмные Эльдары — Архон Тарил вместе с Аздрубаэлем Вектом бегут к порталу, но Векта сбивают (он находился на летучей платформе — Абсолютном Разрушителе), а Тарил убегает в темный портал. Интересно, что на самом деле Аздрубаэль Вект не погибает от рук врага, как можно было бы подумать, а также скрывается в портале, что можно понять из речи Тарила: «Если бы он умер, я бы занял его место. А теперь мне остаётся лишь бежать…»
Орки — пехота врага разрушает крепость орков. Горгутц убивает орка-командира, который уверял его, что крепость неприступна, и благополучно сбегает.
Космодесант — командира космодесантников враги загоняют в угол и расстреливают.
Некроны — противники расстреливают «живой монолит» и уничтожают его. После этого от недостатка энергии начинают отключаться солдаты некронов (Лорд в том числе), а их базы — самопроизвольно разрушаться.
Тау — божественный Аун’Ро’Ир погибает. Все войска Тау погибают под натиском атаковавших.
Эльдар — видящая Каэрис с горечью говорит о том, что им не удалось победить Некронов, и покидает планету вместе со свитой.
Каноничной концовкой игры является победа Имперской гвардии. Косвенным подтверждением тому служит то, что в игре Warhammer 40,000: Dawn of War II Сайрус говорит о поражении космодесанта на Каураве. Впрочем, если игрок прошел кампанию за Хаос, в финальном ролике можно узнать, почему началась буря в варпе.