Приблизительно один год прошёл начиная с истории меченного. Вы - военный лейтенант Прибой Слипченко, и Вас послали в Зону... Была секретная организация, названная UHSF, и они были ответственны за инцидент. Они базировались в Мертвом Городе (Лиманск?), но наемники выгнали их в конце 80-ых. Организация развалилась, и последние живущие члены исчезли. Так или иначе эта история связана с Меченным, и Вы в конечном счете узнаете каким образом. Более чем 20 важных классифицированных документов были скрыты в зоне, и Вы будете должны найти, что бы разгадать загадку(сложить мозаику воедино). Вы будете должны быть "Шерлоком Холмесом", и ”рыть” глубже в зоне так, как Вы не делали этого прежде. Если Вы найдете пропавший документ, то Вы будете должны прочитать это, чтобы получить информацию, или получить некоторые подсказки о том, где искать следующий документ. Вы находитесь в Зоне снова, но всё изменилось. Зона стала намного опаснее(сократим это). Наемники получили контроль на фабрике Агропром, и вооруженные силы были отброшены обратно к Кордону. Вы могли бы быть их единственной надеждой... В начале игры, Вы будете должны прочитать PDA, и делать это почаще, это будет полезно для Вас. После того, как Вы поговорите с военным командующим и майором, не забудьте поговорить с его приятелем. Он – первый парень на деревне, то бишь главный барыган. Почти каждая беседа была переписана, короче говоря, отныне энписи будут вешать лапшу на уши в больших кол-вах .(типа наличие интеллекта) В течение ваших миссий, вы увидите Зону Отчуждения со стороны другого персонажа. Вы узнете много тайн, которых Вы не смогли найти в истории Меченного... Вы сможете встретиться со Стрелком, Доктором, и конечно Dezik Lohnar (dezodor), Kanyhalos, NatVac, Don Reba, Серым, Darius6 и большим количеством важных персонажей.